در ۱۰ فروردین مردم ایران در یک همه‌پرسی به و به دعوت خمینی شرکت کردند و با اکثریت قاطع (بیش از ۹۸ درصد) به جمهوری اسلامی (به عنوان نظام حکومتی آینده) رای دادند. در ۱۸ فروردین امیر عباس هویدا، نخست وزیر سابق ایران در دوران شاه با حکم صادق خلخالی قاضی دادگاه انقلاب به اعدام محکوم شد. همچنین بیش از ۲۰۰ تن از مقامات بلند پایه رژیم سابق در خلال دو ماه بعد از انقلاب طی حکمهای دادگاه‌های انقلاب اعدام گشتند.[۱۳۸][۱۳۹] در تاریخ ۱۳ آبان ماه دانشجویان پیرو خط امام به سفارت آمریکا در تهران حمله کردند و افراد حاضر در سفارت را به گروگان گرفتند و این واقعه استعفای دولت موقت و لیبرال مهدی بازرگان را در پی داشت. (مقاله مرتبط در این زمینه: اشغال سفارت آمریکا)

پیش از برگزاری اولین انتخابات ریاست جمهوری در ایران خمینی با یک استدلال حقوقی، مجاهدین خلق را به سبب عدم اعتقاد به قانون اساسی از شرکت در انتخابات ریاست جمهوری ایران منع کرد[۱۴۰] که موجب انتقاد شدید این سازمان از نیروهای مکتبی حاکم در جمهوری اسلامی گردید. در پنجم بهمن ماه ابوالحسن بنی‌صدر (از فعالان اسلامگرا که تا پیش از انقلاب در فرانسه به فعالیت انقلابی بر ضد حکومت پهلوی می‌پرداخت) با حمایت خمینی و با پیروزی در انتخابات به عنوان اولین رییس جمهور ایران انتخاب شد. در اواخر فروردین ماه سال ۱۳۵۹ شورای انقلاب با حکم خمینی و با هدف تصفیه دانشگاه‌ها از اساتید و دانشجویان دگراندیش، به اپوزیسیون یا گروه‌های سیاسی منتقد و مخالف نیروهای مذهبی حاکم در جمهوری اسلامی که عمدتاً خاستگاه دانشجویی داشته و دانشگاه را فضای امن سیاسی و کانون فعالیتهای خود به شمار می‌آوردند، برای تخلیه دفاتر خود در دانشگاه‌ها مهلتی سه روزه داد. در طی این روزها درگیری و خشونت در دانشگاه‌های ایران به ویژه در دانشگاه تهران به اوج خود رسیده و چند تن کشته و صدها نفر مجروح شده و این سرآغاز رویدادی شد که ازآن به عنوان «انقلاب فرهنگی» یاد می‌شود.[۱۴۱][۱۴۲] روز دوم اردیبهشت حکم شورای انقلاب در دانشگاه تهران توسط بنی‌صدر ابلاغ شد که تعطیلی دانشگاهها به مدت بیشتر از دو سال و اخراج صدها تن از اساتید و دانشجویان دگراندیش را در پی داشت.[۱۴۲][۱۴۳][۱۴۴]

به دنبال کشمکشها و اختلاف نظرهای بنی‌صدر با حزب جمهوری اسلامی و تلاش ناموفقش در جهت سلب اختیارات آنان و در نتیجه از دست دادن حمایت خمینی، از آنجاکه او به تنهایی توان مقابله با مخالفانش را نداشت و پیشتر هیچگاه به ایجاد یک حزب و یا ائتلاف اقدام نکرده بود، با مجاهدین خلق متحد شد[۱۴۵] و در اواخر ماه خرداد او که برای حفظ جان خویش در خفا به سر می‌برد مردم را به قیام فراخواند.[۱۴۶] در سی‌ام خرداد ۱۳۶۰ تظاهرات خشونت آمیزی در شهرهای مختلف کشور توسط هوادران مجاهدین خلق و بنی‌صدر به راه افتاد به‌طوریکه در تهران تعداد معترضان به حدود نیم میلیون نفر رسید و در پی عکس‌العمل خمینی و دیگر روحانیون و درگیری معترضان با نیروهای حزب‌اللهی و سپاه پاسداران تنها در اطراف دانشگاه تهران حدود ۵۰ نفر کشته، ۲۰۰ نفر مجروح و ۱۰۰۰ نفر دستگیر شدند.[۱۴۷] روز بعد، بنی صدر برکنار و دستور بازداشت او توسط روح‌الله خمینی به اتهام خیانت و توطئه علیه نظام صادر شد و به این ترتیب رقابتهای سیاسی وارد عرصه خشونت آمیزی گشت.[۱۴۸]